​Badania naukowe Kolegium mają charakter interdyscyplinarny, zarówno pod względem organizacyjnym, jak i merytorycznym. Dotyczą między innymi przekształceń systemowych, polityki i koniunktury gospodarczej, metod pomiaru i analizy procesów gospodarczych, demograficznych i społecznych oraz zastosowań systemów informatycznych. Instytuty i katedry współpracują w sferze projektów badawczych i programów dydaktycznych. Kolegium publikuje wydawnictwo ciągłe "Roczniki Kolegium Analiz Ekonomicznych", w którym ukazują się artykuły naukowe pracowników Kolegium oraz zaproszonych autorów z innych instytucji naukowych. Liczni pracownicy Kolegium działają jako doradcy i eksperci instytucji państwowych i gospodarczych.