Instytut Przedsiębiorstwa powstał 17 lipca 2006 roku w wyniku przekształcenia Instytutu Funkcjonowania Gospodarki Narodowej (IFGN), z równoczesną zmianą jego charakteru z naukowo-badawczego na naukowo-dydaktyczny. Obowiązujący obecnie statut SGH przewiduje istnienie wyłącznie instytutów naukowo-dydaktycznych.

Instytut Funkcjonowania Gospodarki Narodowej, powołany 29 września 1972 roku, był początkowo ogólnouczelnianą jednostką prowadzącą badania makroekonomiczne. Tematyka badań podejmowanych przez IFGN ewoluowała w kierunku studiów nad przedsiębiorstwem i uwarunkowaniami jego rozwoju, co doprowadziło do włączenia Instytutu w strukturę Kolegium Nauk o Przedsiębiorstwie.

Instytut Przedsiębiorstwa czerpie z doświadczeń naukowych IFGN, tworząc swą tożsamość w oparciu o badania naukowe: działalności przedsiębiorstw, szeroko rozumianej przedsiębiorczości oraz regionalnego otoczenia biznesu. 

Zarządzeniem Rektora Szkoły Głównej Handlowej z dnia 1 marca 2011 r. do Instytutu włączona została Katedra Gospodarowania Zasobami Pracy.

Na mocy Zarządzenia Rektora Szkoły Głównej Handlowej z dnia 4 marca 2013 r. nastąpiło włączenie do Instytutu Katedry Analizy Działalności Przedsiębiorstwa.  

Na mocy Zarządzenia Rektora Szkoły Głównej Handlowej z dnia 14 października 2013 r. nastąpiło włączenie do Instytutu Katedry Zarządzania Innowacjami, która została przekształcona w Zakład Zarządzania Innowacjami w Instytucie Przedsiębiorstwa.