Profil badawczy Zakładu Systemu Finansowego obejmuje zagadnienia funkcjonowania systemu finansowego, składającego się z systemu rynkowego i publicznego. W przypadku systemu rynkowego zainteresowania badawcze odnoszą się do mikro-, mezo- i makroekonomicznych aspektów funkcjonowania instytucji, rynków i instrumentów finansowych.
Wśród nich jako wiodące należy wskazać:
Zarządzanie instytucjami finansowymi i konglomeratami finansowymi, ze szczególnym uwzględnieniem zarządzania ryzykiem (metody analityczne i rozwiązania organizacyjne) i efektywnością,
Sieć bezpieczeństwa finansowego i koszt jej funkcjonowania,
Stabilność finansową i znaczenie instytucji finansowych ważnych systemowo,
Determinanty rozwoju i zmian w systemie finansowym,
Społeczne aspekty funkcjonowania systemu finansowego (np. dostępność usług finansowych, edukacja finansowa).
W odniesieniu do publicznego systemu finansowego zakres zainteresowań badawczych obejmuje:
Instrumenty polityki fiskalnej,
Sektor instytucji rządowych i samorządowych oraz sektor finansów publicznych,
Redystrybucję PKB,
Budżet centralny i budżety jednostek samorządu terytorialnego,
Deficyt budżetowy i dług publiczny, zarządzanie długiem publicznym.
Ważnym aspektem badawczym jest interakcja pomiędzy rynkowym a publicznym systemem finansowym, szczególnie w świetle doświadczeń trwającego globalnego kryzysu finansowego.